一種腸道微生物16SrRNA的NGS數(shù)據(jù)分析方法
基本信息
| 申請(qǐng)?zhí)?/td> | CN202011636132.5 | 申請(qǐng)日 | - |
| 公開（公告）號(hào) | CN112435713A | 公開（公告）日 | 2021-03-02 |
| 申請(qǐng)公布號(hào) | CN112435713A | 申請(qǐng)公布日 | 2021-03-02 |
| 分類號(hào) | G16B30/10(2019.01)I | 分類 | 物理 |
| 發(fā)明人 | 董輝;趙加棟;金維榮;秦紅友;周蓉 | 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 | 申友基因組研究院（南京）有限公司 |
| 代理機(jī)構(gòu) | 南京眾聯(lián)專利代理有限公司 | 代理人 | 郭微 |
| 地址 | 210048江蘇省南京市江北新區(qū)長(zhǎng)蘆街道寧六路606號(hào) | ||
| 法律狀態(tài) | - | ||
摘要
| 摘要 | 本發(fā)明公開一種腸道微生物16 S rRNA的NGS數(shù)據(jù)分析方法，包括以下步驟：1)數(shù)據(jù)庫(kù)準(zhǔn)備：首先從SILVA132和Dreengene13?8?16S數(shù)據(jù)庫(kù)中找出能用V4通用引物擴(kuò)出的序列，把序列切去V4通用引物，獲得254bp的序列，從正反兩個(gè)方向分別截取125bp的序列，然后將雙向125bp的序列連接，獲得一個(gè)長(zhǎng)度均為250bp的序列；2)特征分類訓(xùn)練器訓(xùn)練：使用qiime2的樸素貝葉斯分類器對(duì)1）中的序列以及對(duì)應(yīng)的分類信息進(jìn)行訓(xùn)練獲得更準(zhǔn)確的特征分類器；3)準(zhǔn)確性評(píng)估：使用一個(gè)模擬的微生物群落，使用DADA2對(duì)混合測(cè)序樣品進(jìn)行推斷，并且和真正的注釋信息進(jìn)行比較；4)多樣性分析：使用mafft程序執(zhí)行對(duì)代表序列進(jìn)行多序列比對(duì)，應(yīng)用FastTree基于過濾后的比對(duì)結(jié)果生成系統(tǒng)發(fā)育樹。提高了數(shù)據(jù)利用率，可以實(shí)現(xiàn)更長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序的檢測(cè)效果。?? |
