一種腸道微生物16SrRNA的NGS數據分析方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202011636132.5 申請日 -
公開（公告）號 CN112435713A 公開（公告）日 2021-03-02
申請公布號 CN112435713A 申請公布日 2021-03-02
分類號 G16B30/10(2019.01)I 分類 物理
發(fā)明人 董輝;趙加棟;金維榮;秦紅友;周蓉 申請（專利權）人 申友基因組研究院（南京）有限公司
代理機構 南京眾聯(lián)專利代理有限公司 代理人 郭微
地址 210048江蘇省南京市江北新區(qū)長蘆街道寧六路606號
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開一種腸道微生物16 S rRNA的NGS數據分析方法，包括以下步驟：1)數據庫準備：首先從SILVA132和Dreengene13?8?16S數據庫中找出能用V4通用引物擴出的序列，把序列切去V4通用引物，獲得254bp的序列，從正反兩個方向分別截取125bp的序列，然后將雙向125bp的序列連接，獲得一個長度均為250bp的序列；2)特征分類訓練器訓練：使用qiime2的樸素貝葉斯分類器對1）中的序列以及對應的分類信息進行訓練獲得更準確的特征分類器；3)準確性評估：使用一個模擬的微生物群落，使用DADA2對混合測序樣品進行推斷，并且和真正的注釋信息進行比較；4)多樣性分析：使用mafft程序執(zhí)行對代表序列進行多序列比對，應用FastTree基于過濾后的比對結果生成系統(tǒng)發(fā)育樹。提高了數據利用率，可以實現更長讀長測序的檢測效果。??