一種從低質(zhì)量核糖體印跡數(shù)據(jù)預(yù)測基因編碼框的方法和系統(tǒng)
基本信息
| 申請?zhí)?/td> | CN201910407961.7 | 申請日 | - |
| 公開（公告）號 | CN110136776B | 公開（公告）日 | 2021-04-20 |
| 申請公布號 | CN110136776B | 申請公布日 | 2021-04-20 |
| 分類號 | G16B20/00(2019.01)I;G16B25/10(2019.01)I | 分類 | 物理 |
| 發(fā)明人 | 莫蓓莘;宋波;楊曉玉;高雷;陳雪梅 | 申請（專利權(quán)）人 | 中佳源物種（深圳）生物科技有限公司 |
| 代理機構(gòu) | 深圳市韋恩肯知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 | 代理人 | 李華雙;黃昌平 |
| 地址 | 518000 廣東省深圳市龍華區(qū)觀瀾街道新瀾社區(qū)觀光路1301號銀星科技大廈D1002 | ||
| 法律狀態(tài) | - | ||
摘要
| 摘要 | 本發(fā)明公開一種從低質(zhì)量核糖體印跡數(shù)據(jù)預(yù)測基因編碼框的方法，本發(fā)明綜合利用核糖體印跡和密碼子使用頻率進(jìn)行蛋白編碼框的預(yù)測，利用multitaper算法和復(fù)雜度對核糖體印跡數(shù)據(jù)質(zhì)量進(jìn)行描述，根據(jù)核糖體印跡數(shù)據(jù)的復(fù)雜度自動分配相應(yīng)的權(quán)重，從而平衡數(shù)據(jù)質(zhì)量的影響。具體的，本發(fā)明提取密碼子使用頻率，結(jié)合核糖體印跡數(shù)據(jù)的3堿基周期性，科學(xué)度量核糖體印跡的數(shù)據(jù)質(zhì)量并合理分配相應(yīng)權(quán)重，計算每個密碼子位于核糖體P位點的概率，提取序列特征，通過統(tǒng)計分析綜合評定編碼框的預(yù)測概率值，進(jìn)而預(yù)測新的編碼框。本發(fā)明將大幅降低對核糖體印跡數(shù)據(jù)質(zhì)量的要求，將極大促進(jìn)核核體印跡技術(shù)應(yīng)用的拓展，特別是在農(nóng)作物研究中的應(yīng)用。?? |
