一種利用基因序列信息預(yù)測藥物最小抑菌濃度的方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202110639770.0 申請日 -
公開（公告）號 CN113257345A 公開（公告）日 2021-08-13
申請公布號 CN113257345A 申請公布日 2021-08-13
分類號 G16B20/20（2019.01）I;G16B40/00（2019.01）I;G06N20/10（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 高軍暉;譚潤東;江榮峰;余安祺;李小明;潘迎霞;樓敬偉;瞿介明;劉嘉琳;王新軍 申請（專利權(quán)）人 上海寶藤生物醫(yī)藥科技股份有限公司
代理機(jī)構(gòu) 北京品源專利代理有限公司 代理人 鞏克棟
地址 201203上海市浦東新區(qū)中國（上海）自由貿(mào)易試驗(yàn)區(qū)張衡路180弄3號樓5層
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明提供了一種利用基因序列信息預(yù)測藥物最小抑菌濃度的方法，所述方法包括如下步驟：獲取耐藥菌的多個(gè)樣本的基因組測序數(shù)據(jù)，并根據(jù)所述基因組測序數(shù)據(jù)生成耐藥菌的SNP信息和/或核苷酸k?mers計(jì)數(shù)信息；以至少一種堿基長度的平滑滑動窗口切割所述基因組測序數(shù)據(jù)，統(tǒng)計(jì)切割后所有堿基片段的出現(xiàn)頻率，以至少一種堿基片段進(jìn)行拼接，合并所得拼接結(jié)果與所對應(yīng)的耐藥菌的最小抑菌濃度，獲得特征數(shù)據(jù)集；將所述耐藥菌的樣本隨機(jī)分為訓(xùn)練集和測試集，采用特征數(shù)據(jù)集訓(xùn)練機(jī)器學(xué)習(xí)模型，并計(jì)算所述機(jī)器學(xué)習(xí)模型的預(yù)測精度。該方法預(yù)測準(zhǔn)確度較高，可以縮短最小抑菌濃度的檢測時(shí)間，對臨床用藥具有重要的指導(dǎo)意義。