一種基于比對算法構(gòu)建探針特異性數(shù)據(jù)庫的方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201910397443.1 申請日 -
公開（公告）號 CN110136780B 公開（公告）日 2022-03-04
申請公布號 CN110136780B 申請公布日 2022-03-04
分類號 G16B50/30（2019.01）I;G06F16/21（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 楊冰;蔡霖霖;錢剛;郎洪天;潘石玄偉;李璐璐 申請（專利權(quán)）人 杭州鏈康醫(yī)學檢驗實驗室有限公司
代理機構(gòu) 杭州信與義專利代理有限公司 代理人 萬景旺
地址 310018浙江省杭州市下沙經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)6號大街260號中自科技園1幢2樓西
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及計算機和生物信息學技術(shù)領(lǐng)域，公開一種基于比對算法構(gòu)建的探針特異性數(shù)據(jù)庫，使得探針特異性分析結(jié)果既準確又能縮短運算時間，迅速得到結(jié)果。本發(fā)明中構(gòu)建數(shù)據(jù)庫為主要步驟，包括設置探針雜交的最小長度，打碎基因組；將探針比對到基因組上；統(tǒng)計每條序列所能抓取基因組的次數(shù)；對每個位置的所有序列取最大的數(shù)字為包含這個位置短序列的最大可能抓取次數(shù)；構(gòu)建探針比對數(shù)據(jù)庫；還原結(jié)果等步驟。本發(fā)明中的數(shù)據(jù)庫，可以極大限度的提高探針比對的效率，且只需要對特定實驗條件環(huán)境構(gòu)建一次，即可持續(xù)使用。此外，本數(shù)據(jù)庫可適用于最普通的PC或服務器，只需要下載構(gòu)建好的數(shù)據(jù)庫即可自行對探針特異性進行分析。