一種基于k-mer的序列聯(lián)配方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202210050014.9 申請日 -
公開（公告）號(hào) CN114520024A 公開（公告）日 2022-05-20
申請公布號(hào) CN114520024A 申請公布日 2022-05-20
分類號(hào) G16B30/10（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 王庭璋;李櫻紅;張力;孫玲莉;洪燁;龐襄偉;劉洋;邱曉力 申請（專利權(quán)）人 浙江天科高新技術(shù)發(fā)展有限公司
代理機(jī)構(gòu) 杭州求是專利事務(wù)所有限公司 代理人 -
地址 310012浙江省杭州市黃姑山路9號(hào)
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及一種基于k?mer的序列聯(lián)配方法。本發(fā)明通過對seq1序列和seq2序列進(jìn)行k?mer分析，獲得兩條序列的k?mer集合，篩選出一致性片段。然后利用所述的一致性片段進(jìn)行序列劃分，進(jìn)而對不同差異性片段序列進(jìn)行全局聯(lián)配。最后把聯(lián)配的結(jié)果從5’端到3’端合并得到完整序列的聯(lián)配結(jié)果。本發(fā)明利用k?mer方法可以大大縮短序列聯(lián)配時(shí)間以及聯(lián)配過程中占用的計(jì)算內(nèi)存。本發(fā)明建立了全新的序列聯(lián)配的核心思想，并為序列聯(lián)配提供了一個(gè)新的高效的技術(shù)手段。