一種基于16SrDNA序列的菌種鑒定方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN202210078847.6 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN114373508A 公開（公告）日 2022-04-19
申請(qǐng)公布號(hào) CN114373508A 申請(qǐng)公布日 2022-04-19
分類號(hào) G16B30/10（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 王庭璋;劉淑艷;馬云婷;鄭小玲;王美霞;鐘嘯萍;陶巧鳳;方序 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 浙江天科高新技術(shù)發(fā)展有限公司
代理機(jī)構(gòu) 杭州求是專利事務(wù)所有限公司 代理人 林松海
地址 310012浙江省杭州市黃姑山路9號(hào)
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種基于16S rDNA序列的菌種鑒定方法，步驟包括：將參考16S rDNA序列按照引物序列確定參考序列方向；根據(jù)預(yù)定長(zhǎng)度將確定方向后的參考序列進(jìn)行k?mer切分；將含有一定數(shù)量的簡(jiǎn)并堿基序列進(jìn)行展開，構(gòu)建參考序列的k?mer索引庫；將查詢序列按照預(yù)定長(zhǎng)度進(jìn)行k?mer切分，構(gòu)建k?mer序列集合；根據(jù)特定公式以及特定序列相似性值計(jì)算查詢序列的最小比對(duì)k?mer數(shù)（kmin）；比對(duì)參考序列k?mer索引庫，統(tǒng)計(jì)查詢序列的每個(gè)k?mer的比對(duì)情況；根據(jù)kmin篩選出符合條件的候選參考序列，分別將查詢序列與候選參考序列進(jìn)行兩兩比對(duì)，計(jì)算序列相似性，最終輸出查詢序列的比對(duì)結(jié)果。本發(fā)明可以縮短海量序列查詢時(shí)間以及減少海量數(shù)據(jù)存儲(chǔ)空間，并為菌株鑒定提供了一個(gè)新的高效的技術(shù)手段。