篩選甲基化PCR檢測的目標區(qū)域的方法、試劑盒及應用

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201810059375.3 申請日 -
公開（公告）號 CN108410980B 公開（公告）日 2022-02-01
申請公布號 CN108410980B 申請公布日 2022-02-01
分類號 C12Q1/6886（2018.01）I;C12N15/11（2006.01）I 分類 生物化學；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學；酶學；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 葉明芝;鄭春婷;曾柳紅;李志隆;宋炎;茅矛 申請（專利權(quán)）人 深圳華大醫(yī)學檢驗實驗室
代理機構(gòu) 深圳鼎合誠知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 李小焦;彭家恩
地址 518083 廣東省深圳市鹽田區(qū)鹽田街道東海社區(qū)洪安三街21號南方明珠公寓7號樓1203
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本申請公開了一種篩選甲基化PCR檢測的目標區(qū)域的方法、試劑盒及應用。本申請的方法包括（1）從數(shù)據(jù)庫中獲取待分析腫瘤甲基化芯片及對應轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)；（2）統(tǒng)計正常組與癌癥組的甲基化程度值，篩選不同組別中具有顯著差異的甲基化位點；（3）聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組測序表達譜的分析，統(tǒng)計相關(guān)系數(shù)，篩選負相關(guān)位點；（4）將步驟（3）獲取的甲基化候選位點，與披露的相關(guān)文獻關(guān)聯(lián)，篩選獲得文獻支持報道多且組間甲基化差異程度大、表達量負相關(guān)位點；使用回歸算法，獲取最佳敏感性、特異性的位點集合，即目標區(qū)域。本申請的方法，綜合分析數(shù)據(jù)庫、轉(zhuǎn)錄組測序和文獻，并結(jié)合多重數(shù)據(jù)過濾和回歸算法，能靈敏、特異的獲得甲基化PCR檢測目標區(qū)域。