一種融合網(wǎng)絡(luò)拓撲信息的化合物-蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測方法
基本信息
申請?zhí)?/td> | CN202210491027.X | 申請日 | - |
公開(公告)號 | CN114678081A | 公開(公告)日 | 2022-06-28 |
申請公布號 | CN114678081A | 申請公布日 | 2022-06-28 |
分類號 | G16C20/30(2019.01)I;G16B25/00(2019.01)I;G06K9/62(2022.01)I | 分類 | 物理 |
發(fā)明人 | 劉宏生;于笑雪;張力;徐鑫 | 申請(專利權(quán))人 | 遼寧大學(xué) |
代理機構(gòu) | 沈陽杰克知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 | 代理人 | - |
地址 | 110000遼寧省沈陽市沈北新區(qū)道義南大街58號 | ||
法律狀態(tài) | - |
摘要
摘要 | 本發(fā)明涉及一種融合網(wǎng)絡(luò)拓撲信息的化合物?蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測方法,包括以下步驟:步驟1:數(shù)據(jù)預(yù)處理;步驟2:構(gòu)建相互作用網(wǎng)絡(luò),計算網(wǎng)絡(luò)中每個節(jié)點的中心性度量;步驟3:對于數(shù)據(jù)集中每對化合物和蛋白質(zhì),使用基于共同鄰居數(shù)的方法,計算化合物與蛋白質(zhì)的相關(guān)性度量;步驟4:構(gòu)建一個基于transformer的模型,將節(jié)點的中心性加到節(jié)點特征中。步驟5:將每對節(jié)點的相關(guān)性作為交叉注意模塊中的偏置項。步驟6:利用全連接層輸出預(yù)測概率。本發(fā)明考慮到了相互作用網(wǎng)絡(luò)中的拓撲信息,將蛋白質(zhì)和化合物本身的性質(zhì)與相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓撲信息融合,有效地利用拓撲信息提高了化合物?蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測的準確率。 |
