基于全轉(zhuǎn)錄組的腫瘤抗原預(yù)測(cè)方法及其應(yīng)用

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201910071985.X 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN109801678A 公開（公告）日 2019-05-24
申請(qǐng)公布號(hào) CN109801678A 申請(qǐng)公布日 2019-05-24
分類號(hào) G16B20/50（2019.01）I; G16B25/10（2019.01）I; G16B30/10（2019.01）I; G16B40/00（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 葉浩; 李祥永; 韓子維; 黃建鋒; 戴珩 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 上海鯨舟基因科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 上海智信專利代理有限公司 代理人 上海鯨舟基因科技有限公司
地址 201318 上海市浦東新區(qū)康新公路3399弄19號(hào)樓A區(qū)4-5層
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及一種基于全轉(zhuǎn)錄組的腫瘤抗原預(yù)測(cè)方法，包括：根據(jù)腫瘤組織和相應(yīng)癌旁組織的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)，分別進(jìn)行腫瘤相關(guān)抗原的蛋白生成與肽段截取、腫瘤體細(xì)胞突變檢測(cè)以及相應(yīng)突變肽段截取、腫瘤特異novel轉(zhuǎn)錄本的生成與肽段截取、腫瘤組織中基因融合檢測(cè)及融合肽段截取，獲得包括腫瘤相關(guān)抗原、腫瘤體細(xì)胞突變、腫瘤novel轉(zhuǎn)錄本、基因融合的腫瘤特異肽段，計(jì)算所獲得的腫瘤特異肽段與HLA分子的親和力以及在各轉(zhuǎn)錄本中的表達(dá)量，基于腫瘤特異肽段的親和力值和表達(dá)量TPM值，評(píng)價(jià)候選腫瘤抗原的級(jí)別。本發(fā)明還提供其應(yīng)用。采用了本發(fā)明的方法及應(yīng)用，有助于精確計(jì)算腫瘤抗原負(fù)荷、評(píng)估免疫治療效果、服務(wù)后期的腫瘤疫苗設(shè)計(jì)。