一種面向多條序列的基因序列數(shù)據(jù)壓縮方法
基本信息
| 申請(qǐng)?zhí)?/td> | CN201910197033.2 | 申請(qǐng)日 | - |
| 公開(kāi)（公告）號(hào) | CN109979537B | 公開(kāi)（公告）日 | 2020-12-18 |
| 申請(qǐng)公布號(hào) | CN109979537B | 申請(qǐng)公布日 | 2020-12-18 |
| 分類(lèi)號(hào) | G16B30/00;G16B40/00 | 分類(lèi) | 物理 |
| 發(fā)明人 | 季一木;李可;堯海昌;劉尚東;王汝傳 | 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人 | 江蘇航天龍夢(mèng)信息技術(shù)有限公司 |
| 代理機(jī)構(gòu) | 南京瑞弘專(zhuān)利商標(biāo)事務(wù)所（普通合伙） | 代理人 | 南京郵電大學(xué);江蘇航天龍夢(mèng)信息技術(shù)有限公司 |
| 地址 | 210023 江蘇省南京市新模范馬路66號(hào) | ||
| 法律狀態(tài) | - | ||
摘要
| 摘要 | 本發(fā)明提出一種面向多條序列的基因序列數(shù)據(jù)壓縮方法，主要用于解決基因數(shù)據(jù)量過(guò)大，減小基因數(shù)據(jù)存儲(chǔ)和傳輸成本問(wèn)題。首先從待壓縮基因序列中選取參考序列，其次，將非參考序列和參考序列采用不同的壓縮方式進(jìn)行壓縮。對(duì)于非參考序列，通過(guò)與參考序列異或，然后進(jìn)行矩陣劃分和矩陣編碼，最終將基因序列編碼成二元組形式進(jìn)行存儲(chǔ)；對(duì)于參考序列，采用k?mer算法進(jìn)行單獨(dú)壓縮。采用本壓縮方法的壓縮比高，壓縮速度快，而且二元組編碼與基因次序無(wú)關(guān)，有利于分布式存儲(chǔ)和分析基因序列。 |
