基因組性染色體非同源區(qū)域的鑒定方法和裝置

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN202110746653.4 申請(qǐng)日 -
公開(kāi)（公告）號(hào) CN113205857B 公開(kāi)（公告）日 2021-09-28
申請(qǐng)公布號(hào) CN113205857B 申請(qǐng)公布日 2021-09-28
分類(lèi)號(hào) G16B30/00（2019.01）I 分類(lèi) 物理
發(fā)明人 周勛;趙勇;陶琳娜;蘇亞南;王龍 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人 天津諾禾致源生物信息科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 北京康信知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 代理人 路秀麗
地址 301700天津市武清區(qū)武清開(kāi)發(fā)區(qū)創(chuàng)業(yè)總部基地B07
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本申請(qǐng)?zhí)峁┝艘环N基因組性染色體非同源區(qū)域的鑒定方法和裝置。該鑒定方法包括獲取XY型或ZW型個(gè)體以及XX型或ZZ型個(gè)體的二代測(cè)序數(shù)據(jù)，各個(gè)體的測(cè)序深度為第一測(cè)序深度；獲取通過(guò)三代測(cè)序數(shù)據(jù)組裝得到的XY型或ZW型個(gè)體的組裝基因組；分別計(jì)算XY型或ZW型個(gè)體以及XX型或ZZ型個(gè)體的二代測(cè)序數(shù)據(jù)與組裝基因組的比對(duì)結(jié)果中每個(gè)contig或scaffold測(cè)序深度，分別記為第二測(cè)序深度和第三測(cè)序深度；第二測(cè)序深度為第一測(cè)序深度的1/2~2/3，且第三測(cè)序深度小于第一測(cè)序深度的1/10的contig或scaffold是性染色體非同源區(qū)域。利用兩種性別個(gè)體的reads深度共同鑒定的非同源區(qū)域更準(zhǔn)確。