人體菌群16SrDNA高通量測序物種精確鑒定的優(yōu)化方法
基本信息
| 申請?zhí)?/td> | CN202010700488.4 | 申請日 | - |
| 公開（公告）號 | CN111816258A | 公開（公告）日 | 2020-10-23 |
| 申請公布號 | CN111816258A | 申請公布日 | 2020-10-23 |
| 分類號 | G16B30/10(2019.01)I | 分類 | 物理 |
| 發(fā)明人 | 金谷雷;牛耀芳 | 申請（專利權(quán)）人 | 杭州谷禾信息技術(shù)有限公司 |
| 代理機(jī)構(gòu) | 杭州中成專利事務(wù)所有限公司 | 代理人 | 金祺 |
| 地址 | 310013浙江省杭州市西湖區(qū)三墩鎮(zhèn)西園八路11號2幢D座三樓301室 | ||
| 法律狀態(tài) | - | ||
摘要
| 摘要 | 本發(fā)明公開了一種人體菌群16S rDNA高通量測序物種精確鑒定的優(yōu)化方法，包括以下步驟：1)、建立基于人體微生物樣品的人體宏基因組菌基因組數(shù)據(jù)庫；2)、提取人體宏基因組菌基因組數(shù)據(jù)庫的全長16S rDNA序列，建立不同人體部位的16S rDNA物種注釋數(shù)據(jù)庫；3)、建立樣本?菌種16S序列豐度相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)，并利用該數(shù)據(jù)訓(xùn)練機(jī)器學(xué)習(xí)模型。本發(fā)明還同時提供了利用構(gòu)建所得的數(shù)據(jù)庫和模型，對高通量測序16S rDNA序列進(jìn)行物種鑒定和豐度計(jì)算的方法。本發(fā)明能大大提高16S rDNA的物種分類分辨率和準(zhǔn)確度，使分析者能夠根據(jù)結(jié)果找到更加準(zhǔn)確和明確的菌種。?? |
