支持SIMD的序列比對方法及裝置

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201810216966.7 申請日 -
公開（公告）號 CN110310705B 公開（公告）日 2021-05-14
申請公布號 CN110310705B 申請公布日 2021-05-14
分類號 G16B30/10 分類 物理
發(fā)明人 譚光明;張中海;牛鋼;曾平 申請（專利權(quán)）人 北京哲源科技有限責(zé)任公司
代理機(jī)構(gòu) 北京泛華偉業(yè)知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 王勇;蘇曉麗
地址 100095 北京市海淀區(qū)中關(guān)村環(huán)?？萍际痉秷@龍芯產(chǎn)業(yè)園1號樓
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明提供一種支持SIMD的序列比對方法，包括根據(jù)查詢序列和參考序列的長度確定得分矩陣的行數(shù)和列數(shù)；根據(jù)指定的寬度值確定得分矩陣在行方向和列方向上的擴(kuò)展區(qū)間；基于查詢序列和參考序列的比對，確定得分矩陣在所述擴(kuò)展區(qū)間內(nèi)相應(yīng)各元素的得分，同時(shí)將處于擴(kuò)展區(qū)間之外的元素全部清零；然后根據(jù)所確定的得分矩陣獲取查詢序列相對于參考序列的局部最大相似片段。該方法能充分利用SIMD來提高序列比對的計(jì)算效率。