基于CPU+GPU異構(gòu)的高并發(fā)序列比對(duì)計(jì)算加速方法
基本信息
| 申請(qǐng)?zhí)?/td> | CN202210046617.1 | 申請(qǐng)日 | - |
| 公開(kāi)（公告）號(hào) | CN114064551A | 公開(kāi)（公告）日 | 2022-02-18 |
| 申請(qǐng)公布號(hào) | CN114064551A | 申請(qǐng)公布日 | 2022-02-18 |
| 分類(lèi)號(hào) | G06F15/16（2006.01）I;G06F9/48（2006.01）I | 分類(lèi) | 計(jì)算；推算；計(jì)數(shù); |
| 發(fā)明人 | 張巍;林超寧;張崇 | 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 | 廣州嘉檢醫(yī)學(xué)檢測(cè)有限公司 |
| 代理機(jī)構(gòu) | 廣州君策達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所（普通合伙） | 代理人 | 陳宏升 |
| 地址 | 510000廣東省廣州市黃埔區(qū)廣州國(guó)際生物島螺旋四路9號(hào)第二層C201單元 | ||
| 法律狀態(tài) | - | ||
摘要
| 摘要 | 本發(fā)明公開(kāi)了基于CPU+GPU異構(gòu)的高并發(fā)序列比對(duì)計(jì)算加速方法，包含以下步驟：BWA?MEM算法代碼重構(gòu)；CPU上任務(wù)并發(fā)處理：完成序列集的劃分，第一次形成多個(gè)并發(fā)任務(wù)；運(yùn)行代碼重構(gòu)后的BWA?MEM算法，完成GPU上數(shù)據(jù)并發(fā)處理；GPU上任務(wù)并發(fā)處理：對(duì)于序列數(shù)據(jù)對(duì)比過(guò)程中產(chǎn)生的種子集和鏈，將相同或相鄰的長(zhǎng)度、位置、數(shù)量的種子集劃分為同一數(shù)據(jù)塊，鏈做同樣處理，由此完成種子集與鏈的劃分，第二次形成多個(gè)并發(fā)任務(wù)。本發(fā)明通過(guò)設(shè)計(jì)任務(wù)并行+數(shù)據(jù)并行的方式，讓BWA?MEM算法的特征與GPU加速設(shè)備的特征緊密結(jié)合，充分利用GPU強(qiáng)大的并發(fā)運(yùn)算能力，為序列比對(duì)算法提供優(yōu)異的性能，對(duì)比高并發(fā)處理效率較高。 |
