基于CPU+GPU異構的高并發(fā)序列比對計算加速方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202210046617.1 申請日 -
公開（公告）號 CN114064551A 公開（公告）日 2022-02-18
申請公布號 CN114064551A 申請公布日 2022-02-18
分類號 G06F15/16（2006.01）I;G06F9/48（2006.01）I 分類 計算；推算；計數(shù);
發(fā)明人 張巍;林超寧;張崇 申請（專利權）人 廣州嘉檢醫(yī)學檢測有限公司
代理機構 廣州君策達知識產權代理事務所（普通合伙） 代理人 陳宏升
地址 510000廣東省廣州市黃埔區(qū)廣州國際生物島螺旋四路9號第二層C201單元
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了基于CPU+GPU異構的高并發(fā)序列比對計算加速方法，包含以下步驟：BWA?MEM算法代碼重構；CPU上任務并發(fā)處理：完成序列集的劃分，第一次形成多個并發(fā)任務；運行代碼重構后的BWA?MEM算法，完成GPU上數(shù)據(jù)并發(fā)處理；GPU上任務并發(fā)處理：對于序列數(shù)據(jù)對比過程中產生的種子集和鏈，將相同或相鄰的長度、位置、數(shù)量的種子集劃分為同一數(shù)據(jù)塊，鏈做同樣處理，由此完成種子集與鏈的劃分，第二次形成多個并發(fā)任務。本發(fā)明通過設計任務并行+數(shù)據(jù)并行的方式，讓BWA?MEM算法的特征與GPU加速設備的特征緊密結合，充分利用GPU強大的并發(fā)運算能力，為序列比對算法提供優(yōu)異的性能，對比高并發(fā)處理效率較高。