基于光學圖譜平臺Irys的一種de novo測序數(shù)據(jù)組裝方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201610211082.3 申請日 -
公開（公告）號 CN106021978B 公開（公告）日 2019-03-29
申請公布號 CN106021978B 申請公布日 2019-03-29
分類號 G16B20/30（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 馬豐收; 張藝; 何飛; 劉洋 申請（專利權(quán)）人 晶能生物技術(shù)（上海）有限公司
代理機構(gòu) 上海晨皓知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所（普通合伙） 代理人 成麗杰
地址 201111 上海市閔行區(qū)元江路5500號第2幢1187室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及一種基于光學圖譜平臺Irys的一種denovo測序數(shù)據(jù)組裝方法，使用光學圖譜平臺Irys得到基因組裝文件；同時，拿到NGS的scaffold文件：fai文件；數(shù)據(jù)預處理：通過設(shè)定閾值，過濾掉可信度低的比對結(jié)果，合并cmap文件，排序，計算N50；組裝效果統(tǒng)計：統(tǒng)計BioNano與NGS比對結(jié)果，包括BioNano的contig與NGS的scaffold長度、個數(shù)以及總量；根據(jù)BioNano的contig與NGS的scaffold之間的網(wǎng)絡(luò)拓撲關(guān)系，分類分析組裝出的新的contig長度與scaffold長度?？梢暂o助基因組組裝，明顯提高物種的基因組裝效果。