基于光學(xué)圖譜平臺(tái)Irys的一種de novo測序數(shù)據(jù)組裝方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201610211082.3 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN106021978A 公開（公告）日 2016-10-12
申請(qǐng)公布號(hào) CN106021978A 申請(qǐng)公布日 2016-10-12
分類號(hào) G06F19/18(2011.01)I 分類 計(jì)算；推算；計(jì)數(shù);
發(fā)明人 馬豐收;張藝;何飛;劉洋 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 晶能生物技術(shù)（上海）有限公司
代理機(jī)構(gòu) 上海晨皓知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所（普通合伙） 代理人 成麗杰
地址 201111 上海市閔行區(qū)元江路5500號(hào)第2幢1187室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及一種基于光學(xué)圖譜平臺(tái)Irys的一種denovo測序數(shù)據(jù)組裝方法，使用光學(xué)圖譜平臺(tái)Irys得到基因組裝文件；同時(shí)，拿到NGS的scaffold文件：fai文件；數(shù)據(jù)預(yù)處理：通過設(shè)定閾值，過濾掉可信度低的比對(duì)結(jié)果，合并cmap文件，排序，計(jì)算N50；組裝效果統(tǒng)計(jì)：統(tǒng)計(jì)BioNano與NGS比對(duì)結(jié)果，包括BioNano的contig與NGS的scaffold長度、個(gè)數(shù)以及總量；根據(jù)BioNano的contig與NGS的scaffold之間的網(wǎng)絡(luò)拓?fù)潢P(guān)系，分類分析組裝出的新的contig長度與scaffold長度?？梢暂o助基因組組裝，明顯提高物種的基因組裝效果。