一種鵝掌楸基因組的SNP標(biāo)記的篩選方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201810543378.4 申請日 -
公開（公告）號 CN108754005B 公開（公告）日 2019-08-20
申請公布號 CN108754005B 申請公布日 2019-08-20
分類號 C12Q1/6895;C12Q1/6869 分類 生物化學(xué)；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學(xué)；酶學(xué)；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 施季森;陸葉;陳金慧;龍曉飛;楊立明;肖保榮;劉陽;陳新穎;張稼霽 申請（專利權(quán)）人 四川北斗生態(tài)林業(yè)有限公司
代理機(jī)構(gòu) 南京申云知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所（普通合伙） 代理人 南京林業(yè)大學(xué)
地址 210037 江蘇省南京市龍?bào)绰?59號
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種鵝掌楸基因組的SNP標(biāo)記的篩選方法，以北美鵝掌楸‘NK’和鵝掌楸‘LS’雜交獲得的F1代個(gè)體為材料，以測序得到的鵝掌楸參考基因組為基礎(chǔ)，運(yùn)用Primer5.0軟件設(shè)計(jì)PCR擴(kuò)增引物并檢驗(yàn)引物的擴(kuò)增效率和特異性，從中挑選27個(gè)候選SNP位點(diǎn)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，經(jīng)過PCR擴(kuò)增后利用瓊脂糖凝膠電泳檢測篩選結(jié)果，并通過種源材料驗(yàn)證，最終獲得鵝掌楸基因組的SNP標(biāo)記。本發(fā)明從鵝掌楸基因組數(shù)據(jù)庫中挑選了27個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行了引物合成，經(jīng)過PCR擴(kuò)增檢測后送出測序，結(jié)果顯示，所有的位點(diǎn)都為真實(shí)的SNP位點(diǎn)，說明SNP位點(diǎn)質(zhì)量可靠，所用標(biāo)準(zhǔn)較好，得到的高質(zhì)量SNP標(biāo)記可用于遺傳連鎖圖譜等后續(xù)工作。