一種構(gòu)造隱馬爾科夫鏈的基因型填補(bǔ)方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201810741480.5 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN109063417A 公開（公告）日 2018-12-21
申請(qǐng)公布號(hào) CN109063417A 申請(qǐng)公布日 2018-12-21
分類號(hào) G06F19/22;G06F19/24 分類 計(jì)算；推算；計(jì)數(shù);
發(fā)明人 倪晟宇;包桉銀 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 福建國(guó)脈生物科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 福州元?jiǎng)?chuàng)專利商標(biāo)代理有限公司 代理人 蔡學(xué)俊
地址 362006 福建省泉州市鯉城區(qū)經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)玉獅路69號(hào)A棟2號(hào)樓3層
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及一種構(gòu)造隱馬爾科夫鏈的基因型填補(bǔ)方法，利用樣本具有的稀有位點(diǎn)上的少數(shù)等位基因型對(duì)基因型數(shù)據(jù)庫進(jìn)行預(yù)處理;創(chuàng)建局部單倍型簇模型；對(duì)局部單倍型簇模型的節(jié)點(diǎn)進(jìn)行合并后續(xù)相似狀態(tài);利用向前?向后算法對(duì)局部單倍型簇模型的通路進(jìn)行剪枝;利用由蒙特卡洛模擬求得的單倍型概率，通過hardy?weinberg平衡得到樣本雙倍型先念概率并結(jié)合測(cè)序似然值求得雙倍型后驗(yàn)概率；由樣本微單倍型篩選雙倍型后念概率作為迭代重新構(gòu)筑局部單倍型簇模型；循環(huán)N次，得到雙倍體后驗(yàn)概率后并獲得相應(yīng)位點(diǎn)的基因型概率。本發(fā)明構(gòu)建局部單倍型簇，從隱馬爾科夫模型中產(chǎn)生雙倍型的后驗(yàn)概率，按照樣本的微單倍型將明顯矛盾的濾去，重復(fù)迭代多次就能得到高準(zhǔn)確性的判型。