用于衡量基因組不穩(wěn)定性的試劑盒、探針及其應(yīng)用

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN202011360943.7 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN112662767B 公開（公告）日 2021-08-06
申請(qǐng)公布號(hào) CN112662767B 申請(qǐng)公布日 2021-08-06
分類號(hào) C12Q1/6886 分類 生物化學(xué)；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學(xué)；酶學(xué)；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 焦陽;陳冬菊;宋程程;蔡宇航;李紅梅;孟培;王春麗;邵明輝;石太平 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 天津華大醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所有限公司
代理機(jī)構(gòu) 北京清亦華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所（普通合伙） 代理人 周慧云
地址 518083 廣東省深圳市鹽田區(qū)洪安三街21號(hào)華大綜合園7棟7層-14層
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明提出用于衡量基因組不穩(wěn)定性的試劑盒及其應(yīng)用，試劑盒含有的探針集合是通過下列步驟確定的：將參考基因組序列劃分為多個(gè)一級(jí)區(qū)域，一級(jí)區(qū)域含有至少一個(gè)已知的SNP位點(diǎn)；針對(duì)多個(gè)一級(jí)區(qū)域的每一個(gè)，進(jìn)行SNP過濾；選擇缺口區(qū)域；基于預(yù)期間隔，將缺口區(qū)域劃分為至少一個(gè)二級(jí)區(qū)域；針對(duì)至少一個(gè)二級(jí)區(qū)域的每一個(gè)，分別進(jìn)行二級(jí)高頻SNP搜尋：由二級(jí)區(qū)域的中心點(diǎn)向兩側(cè)至少一次延伸處理；和在至少一次延伸預(yù)定長度之后，在所得到的區(qū)域中尋找頻率最高的SNP，基于一級(jí)高頻SNP和二級(jí)高頻SNP匯總作為起始點(diǎn)SNP，確定三級(jí)區(qū)域；和基于三級(jí)區(qū)域，構(gòu)建特異性識(shí)別三級(jí)區(qū)域的探針。利用該方法，能夠有效地獲得能夠有效地用于分析基因組不穩(wěn)定性的探針組合。