一種利用納米孔測序的轉(zhuǎn)錄組分析方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202010226519.7 申請日 -
公開（公告）號 CN111292806A 公開（公告）日 2020-06-16
申請公布號 CN111292806A 申請公布日 2020-06-16
分類號 G16B30/10(2019.01)I;G16B40/00(2019.01)I 分類 -
發(fā)明人 袁曉輝;劉海平;肖世俊 申請（專利權(quán)）人 武漢古奧基因科技有限公司
代理機構(gòu) 沈陽東大知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 武漢古奧基因科技有限公司
地址 430070湖北省武漢市洪山區(qū)珞獅路122號武漢理工大學孵化樓B座15樓
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 一種利用納米孔測序的轉(zhuǎn)錄組分析方法，所屬分子生物學技術(shù)領(lǐng)域，本發(fā)明公開了一種利用nanopore測序數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄組分析方法，包括基于minimap2快速比對獲得序列之間的關(guān)系；計算序列之間比對的相似性、覆蓋度、最大缺失、最大插入；利用CARNAC?LR軟件進行網(wǎng)絡狀聚類，獲得序列網(wǎng)絡狀關(guān)系；將聚類得到的cluster經(jīng)過pbccs軟件糾錯而獲得CCS序列；本發(fā)明方法通過獲得高質(zhì)量的CCS序列之后，可以進行轉(zhuǎn)錄組后續(xù)的基因定量等分析。??