一種基于單比特化的基因比對(duì)處理方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201010246011.X 申請(qǐng)日 -
公開(kāi)（公告）號(hào) CN101887493A 公開(kāi)（公告）日 2010-11-17
申請(qǐng)公布號(hào) CN101887493A 申請(qǐng)公布日 2010-11-17
分類(lèi)號(hào) G06F19/00(2006.01)I 分類(lèi) 計(jì)算；推算；計(jì)數(shù);
發(fā)明人 康繼昌;徐烽濤 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人 湖州瑞萬(wàn)思信息技術(shù)有限公司
代理機(jī)構(gòu) 北京安博達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 湖州瑞萬(wàn)思信息技術(shù)有限公司
地址 313000 浙江省湖州市紅豐路1366號(hào)南太湖科創(chuàng)中心12樓
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明提供了一種基于單比特化基因比對(duì)處理方法，該方法包括兩條基因序列，其比對(duì)步驟為：將需要比對(duì)的基因序列輸入到FPGA器件中后用單比特表示堿基，用布爾邏輯表示基因的突變規(guī)則，用FPGA器件實(shí)現(xiàn)比對(duì)計(jì)算，用位置計(jì)數(shù)器和突變計(jì)數(shù)器記錄突變的類(lèi)型和數(shù)量，結(jié)束時(shí)將記錄發(fā)送給上層軟件，上層軟件計(jì)算處理后將結(jié)果顯示在屏幕上。利用本發(fā)明提供的方法，比對(duì)邏輯與“讀堿基”同時(shí)工作，比對(duì)邏輯無(wú)需占用額外的時(shí)間，比對(duì)計(jì)算的時(shí)間與序列的長(zhǎng)度成線性關(guān)系，顯著提高了比對(duì)計(jì)算速度。