基于克隆DNA混合池的全基因組測序方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201310288791.8 申請日 -
公開（公告）號 CN103388025A 公開（公告）日 2013-11-13
申請公布號 CN103388025A 申請公布日 2013-11-13
分類號 C12Q1/68(2006.01)I 分類 生物化學；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學；酶學；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 羅美中;潘永龍 申請（專利權(quán)）人 武漢華中農(nóng)大資產(chǎn)經(jīng)營有限公司
代理機構(gòu) 武漢開元知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 華中農(nóng)業(yè)大學
地址 430070 湖北省武漢市洪山區(qū)獅子山街1號
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種基于克隆DNA混合池的全基因組測序方法。該方法首先構(gòu)建BAC文庫并構(gòu)建BAC克隆DNA混合池，再對混合池DNA進行高能量測序；解析出克隆的特征序列集合與k-mer集合，利用克隆的特征序列構(gòu)建出克隆重疊群，利用克隆重疊群上將克隆k-mer集合分割成小的k-mer集合，將混合池的NGS序列組裝后的序列定位到克隆重疊群上；根據(jù)組裝后序列與混合池的NGS序列雙末端比對結(jié)果連接定位后的序列，并確定它們的方向；最后利用分子標記確定克隆重疊群的相對位置與方向，將克隆重疊群的序列連接成整條染色體序列，得到全基因組序列。本發(fā)明利用NGS高通量測序技術(shù)與克隆DNA混合池，不僅構(gòu)建出全基因組的物理圖譜，同時將拼裝后的序列定位到物理圖譜上，實現(xiàn)兩者的整合。