基于克隆DNA混合池的全基因組測(cè)序方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201310288791.8 申請(qǐng)日 -
公開(kāi)（公告）號(hào) CN103388025B 公開(kāi)（公告）日 2015-04-29
申請(qǐng)公布號(hào) CN103388025B 申請(qǐng)公布日 2015-04-29
分類號(hào) C12Q1/68(2006.01)I 分類 生物化學(xué)；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學(xué)；酶學(xué)；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 羅美中;潘永龍 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 武漢華中農(nóng)大資產(chǎn)經(jīng)營(yíng)有限公司
代理機(jī)構(gòu) 武漢開(kāi)元知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
地址 430070 湖北省武漢市洪山區(qū)獅子山街1號(hào)
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開(kāi)了一種基于克隆DNA混合池的全基因組測(cè)序方法。該方法首先構(gòu)建BAC文庫(kù)并構(gòu)建BAC克隆DNA混合池，對(duì)混合池DNA進(jìn)行雙末端的高通量測(cè)序；解析克隆的特征序列集合與k-mer集合，利用克隆的特征序列構(gòu)建克隆重疊群，利用克隆重疊群將克隆k-mer集合分割成小的k-mer集合，將混合池的NGS序列進(jìn)行組裝，并將組裝后的序列定位到克隆重疊群上；將組裝后的序列與NGS序列進(jìn)行雙末端比對(duì)，根據(jù)比對(duì)結(jié)果連接定位后的序列，并確定它們的方向；最后利用分子標(biāo)記確定克隆重疊群的相對(duì)位置與方向，將克隆重疊群的序列連接成染色體序列。本發(fā)明利用NGS高通量測(cè)序技術(shù)與克隆DNA混合池，不僅構(gòu)建出全基因組的物理圖譜，同時(shí)將拼裝后的序列定位到物理圖譜上，實(shí)現(xiàn)兩者的整合。