基于克隆DNA混合池的全基因組測序方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201310288791.8 申請日 -
公開（公告）號 CN103388025B 公開（公告）日 2015-04-29
申請公布號 CN103388025B 申請公布日 2015-04-29
分類號 C12Q1/68(2006.01)I 分類 生物化學；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學；酶學；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 羅美中;潘永龍 申請（專利權）人 武漢華中農大資產經營有限公司
代理機構 武漢開元知識產權代理有限公司 代理人 華中農業(yè)大學
地址 430070 湖北省武漢市洪山區(qū)獅子山街1號
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種基于克隆DNA混合池的全基因組測序方法。該方法首先構建BAC文庫并構建BAC克隆DNA混合池，對混合池DNA進行雙末端的高通量測序；解析克隆的特征序列集合與k-mer集合，利用克隆的特征序列構建克隆重疊群，利用克隆重疊群將克隆k-mer集合分割成小的k-mer集合，將混合池的NGS序列進行組裝，并將組裝后的序列定位到克隆重疊群上；將組裝后的序列與NGS序列進行雙末端比對，根據比對結果連接定位后的序列，并確定它們的方向；最后利用分子標記確定克隆重疊群的相對位置與方向，將克隆重疊群的序列連接成染色體序列。本發(fā)明利用NGS高通量測序技術與克隆DNA混合池，不僅構建出全基因組的物理圖譜，同時將拼裝后的序列定位到物理圖譜上，實現(xiàn)兩者的整合。