一種適用于細(xì)胞系和動(dòng)物組織ATAC-seq測(cè)序技術(shù)的文庫構(gòu)建方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201910213705.4 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN109897885A 公開（公告）日 2019-06-18
申請(qǐng)公布號(hào) CN109897885A 申請(qǐng)公布日 2019-06-18
分類號(hào) C12Q1/6806（2018.01）I; C12Q1/6869（2018.01）I; C40B50/06（2006.01）I 分類 生物化學(xué)；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學(xué)；酶學(xué)；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 嚴(yán)琰 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 嘉興菲沙基因信息有限公司
代理機(jī)構(gòu) 上海精晟知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 馮子玲
地址 314000 浙江省嘉興市嘉善縣大云鎮(zhèn)創(chuàng)業(yè)路555號(hào)C2幢101室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及一種適用于細(xì)胞系和動(dòng)物組織ATAC?seq測(cè)序技術(shù)的文庫構(gòu)建方法，所述方法包括：1)收集細(xì)胞或動(dòng)物組織，制備細(xì)胞懸液；2)加入含NP40的裂解液，裂解細(xì)胞膜，獲得細(xì)胞核并純化；3)收集細(xì)胞核進(jìn)行定量和細(xì)胞核完整性檢測(cè)；4)完整細(xì)胞核中加入Tn5轉(zhuǎn)座酶進(jìn)行轉(zhuǎn)座反應(yīng)并純化；5)PCR擴(kuò)增，構(gòu)建二代文庫并純化；6)進(jìn)行高通量測(cè)序，得到基因數(shù)據(jù)。該方法基于轉(zhuǎn)座酶對(duì)DNA含量敏感的特征，直接通過DNA含量進(jìn)行定量操作，適用性廣，尤其適用于物種或組織稀少、保存狀態(tài)較差組織進(jìn)行文庫構(gòu)建。同時(shí)，本發(fā)明通過前期的優(yōu)化使得回收到的細(xì)胞核可以用于國產(chǎn)vazyme公司開發(fā)的Tn5轉(zhuǎn)座酶并得到了良好的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，使得ATAC?seq不再受轉(zhuǎn)座酶種類的限制。