一種預(yù)測(cè)融合基因產(chǎn)生新生抗原的方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201910649862.X 申請(qǐng)日 -
公開(kāi)（公告）號(hào) CN110322925B 公開(kāi)（公告）日 2021-09-03
申請(qǐng)公布號(hào) CN110322925B 申請(qǐng)公布日 2021-09-03
分類(lèi)號(hào) G16B20/00;G16B30/00;C12Q1/6886 分類(lèi) 物理
發(fā)明人 羅凱;莫凡;林志偉 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人 杭州紐安津生物科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 杭州裕陽(yáng)聯(lián)合專(zhuān)利代理有限公司 代理人 金方瑋
地址 310000 浙江省杭州市濱江區(qū)西興街道江陵路88號(hào)5幢2樓A區(qū)-73
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開(kāi)了一種預(yù)測(cè)融合基因產(chǎn)生新生抗原的方法，包括如下內(nèi)容：將測(cè)序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控；將質(zhì)控后的數(shù)據(jù)比對(duì)到參考基因組，并對(duì)重復(fù)序列進(jìn)行標(biāo)記；使用軟件預(yù)測(cè)HLA一類(lèi)、二類(lèi)分型；使用軟件預(yù)測(cè)融合基因事件；對(duì)預(yù)測(cè)的融合基因事件進(jìn)行注釋、打分、排序和篩選；對(duì)篩選后的融合基因斷點(diǎn)上下游的核苷酸序列進(jìn)行提取和翻譯得到新生多肽；對(duì)新生多肽進(jìn)行MHC親和力預(yù)測(cè)，使用多個(gè)HLA分型親和力預(yù)測(cè)軟件進(jìn)行親和力預(yù)測(cè)，再在預(yù)測(cè)結(jié)果中篩選出親和力較強(qiáng)的多肽；根據(jù)融合基因新生多肽的表位結(jié)合能力和多肽特性進(jìn)行篩選和設(shè)計(jì)新生多肽；本發(fā)明能夠在優(yōu)化檢測(cè)速度的同時(shí)，大幅提升檢測(cè)目的基因融合新生抗原的靈敏度和特異性。