一種預(yù)測融合基因產(chǎn)生新生抗原的方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201910649862.X 申請日 -
公開（公告）號 CN110322925B 公開（公告）日 2021-09-03
申請公布號 CN110322925B 申請公布日 2021-09-03
分類號 G16B20/00;G16B30/00;C12Q1/6886 分類 物理
發(fā)明人 羅凱;莫凡;林志偉 申請（專利權(quán)）人 杭州紐安津生物科技有限公司
代理機構(gòu) 杭州裕陽聯(lián)合專利代理有限公司 代理人 金方瑋
地址 310000 浙江省杭州市濱江區(qū)西興街道江陵路88號5幢2樓A區(qū)-73
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種預(yù)測融合基因產(chǎn)生新生抗原的方法，包括如下內(nèi)容：將測序得到的原始數(shù)據(jù)進行質(zhì)控；將質(zhì)控后的數(shù)據(jù)比對到參考基因組，并對重復(fù)序列進行標(biāo)記；使用軟件預(yù)測HLA一類、二類分型；使用軟件預(yù)測融合基因事件；對預(yù)測的融合基因事件進行注釋、打分、排序和篩選；對篩選后的融合基因斷點上下游的核苷酸序列進行提取和翻譯得到新生多肽；對新生多肽進行MHC親和力預(yù)測，使用多個HLA分型親和力預(yù)測軟件進行親和力預(yù)測，再在預(yù)測結(jié)果中篩選出親和力較強的多肽；根據(jù)融合基因新生多肽的表位結(jié)合能力和多肽特性進行篩選和設(shè)計新生多肽；本發(fā)明能夠在優(yōu)化檢測速度的同時，大幅提升檢測目的基因融合新生抗原的靈敏度和特異性。