微生物的種特異共有序列的獲得方法、裝置及應(yīng)用

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202010254696.6 申請日 -
公開（公告）號 CN111477276B 公開（公告）日 2020-12-15
申請公布號 CN111477276B 申請公布日 2020-12-15
分類號 G16B30/10;G16B25/20 分類 物理
發(fā)明人 嵇匆;邵俊斌;劉燕;齊霞;金宇丹;李啟騰 申請（專利權(quán)）人 上海之江生物科技股份有限公司
代理機(jī)構(gòu) 上海光華專利事務(wù)所（普通合伙） 代理人 上海之江生物科技股份有限公司
地址 201201 上海市浦東新區(qū)張江高科技園區(qū)瑞慶路528號20幢乙號1層、21幢甲號1層
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明的提供一種微生物的種特異共有序列的獲得方法，至少包括以下步驟：S100，尋找候選共有序列：基于聚類算法對屬于同一菌種的各個目標(biāo)菌株的特異性序列進(jìn)行聚類，獲得多個候選種特異共有序列；S200，驗(yàn)證和獲得初次篩選種特異共有序列：判斷候選種特異共有序列是否滿足以下條件：1)株種覆蓋度滿足預(yù)設(shè)值；2)有效拷貝數(shù)滿足預(yù)設(shè)值；若候選種特異共有序列滿足以上所有條件，則為種特異共有序列。本發(fā)明的方法靈敏度高；可在組裝不完整的基序中尋找重復(fù)序列；獲得的種特異性共有序列精確，可識別到亞種水平；識別的共有序列保守性強(qiáng)，以最少的共有序列盡可能達(dá)到株種覆蓋度的最大值；所有的邏輯模塊都帶有多重驗(yàn)證，準(zhǔn)確性高。