一種細(xì)菌菌株的分析方法、分析裝置和存儲介質(zhì)

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202011146154.3 申請日 -
公開（公告）號 CN112233726A 公開（公告）日 2021-01-15
申請公布號 CN112233726A 申請公布日 2021-01-15
分類號 G16B30/10;G16B40/00 分類 物理
發(fā)明人 胡函;譚驗(yàn) 申請（專利權(quán)）人 深圳未知君生物科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 北京金信知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 深圳未知君生物科技有限公司
地址 518000 廣東省深圳市南山區(qū)西麗街道清華信息港科研樓10層1007室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本公開涉及一種細(xì)菌菌株的分析方法、分析裝置和存儲介質(zhì)。該方法包括：獲取目標(biāo)菌種的泛基因組數(shù)據(jù)，包括其多類菌種的參考基因序列；獲取多個(gè)樣品(包括多個(gè)菌種)的測序數(shù)據(jù)；將每個(gè)樣品的測序數(shù)據(jù)與泛基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行比對，以得到相對于各參考基因的比對計(jì)數(shù)；將相似基因的比對計(jì)數(shù)合并為基因家族的比對計(jì)數(shù)以確定第一矩陣，第一矩陣的各個(gè)元素表征各個(gè)基因家族在各樣品中的比對計(jì)數(shù)相關(guān)信息；將第一矩陣分解為第二和第三矩陣，第二矩陣的各個(gè)元素表征各個(gè)基因家族在各類菌株中的存在相關(guān)信息，第三矩陣的各個(gè)元素表征各類菌株在各樣品中的相對豐度相關(guān)信息?？蓽?zhǔn)確得到各樣品中多個(gè)菌種的各類菌株的組成比例情況及每類菌株的基因家族包含情況。