一種細菌菌株的分析方法、分析裝置和存儲介質(zhì)

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202011146154.3 申請日 -
公開（公告）號 CN112233726A 公開（公告）日 2021-01-15
申請公布號 CN112233726A 申請公布日 2021-01-15
分類號 G16B30/10;G16B40/00 分類 物理
發(fā)明人 胡函;譚驗 申請（專利權(quán)）人 深圳未知君生物科技有限公司
代理機構(gòu) 北京金信知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 深圳未知君生物科技有限公司
地址 518000 廣東省深圳市南山區(qū)西麗街道清華信息港科研樓10層1007室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本公開涉及一種細菌菌株的分析方法、分析裝置和存儲介質(zhì)。該方法包括：獲取目標菌種的泛基因組數(shù)據(jù)，包括其多類菌種的參考基因序列；獲取多個樣品(包括多個菌種)的測序數(shù)據(jù)；將每個樣品的測序數(shù)據(jù)與泛基因組數(shù)據(jù)進行比對，以得到相對于各參考基因的比對計數(shù)；將相似基因的比對計數(shù)合并為基因家族的比對計數(shù)以確定第一矩陣，第一矩陣的各個元素表征各個基因家族在各樣品中的比對計數(shù)相關(guān)信息；將第一矩陣分解為第二和第三矩陣，第二矩陣的各個元素表征各個基因家族在各類菌株中的存在相關(guān)信息，第三矩陣的各個元素表征各類菌株在各樣品中的相對豐度相關(guān)信息。可準確得到各樣品中多個菌種的各類菌株的組成比例情況及每類菌株的基因家族包含情況。