用于HLA分型的核酸捕獲探針的設(shè)計方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201911104909.0 申請日 -
公開（公告）號 CN110853708B 公開（公告）日 2022-03-08
申請公布號 CN110853708B 申請公布日 2022-03-08
分類號 G16B25/20（2019.01）I;G16B30/10（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 趙國棟;喬宗赟 申請（專利權(quán)）人 上海仁東醫(yī)學檢驗所有限公司
代理機構(gòu) 上海市匯業(yè)律師事務(wù)所 代理人 陸紅杰
地址 201318上海市浦東新區(qū)半夏路100弄11號1-3層、地下1層
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種用于HLA分型的核酸捕獲探針的設(shè)計方法，步驟包括：1）構(gòu)建HLA?A、HLA?B、HLA?C序列庫；2）多重序列比對，查找每種基因Exon2、Exon3上的及上下游的SNP位點；3）用滑窗分隔算法，挑取覆蓋設(shè)定數(shù)目SNP位點的區(qū)域作為探針設(shè)計候選區(qū)域；4）聚類分析得到每個探針設(shè)計候選區(qū)域的代表性序列作為候選探針；5）對所有候選探針去重復，獲得三種基因各自的捕獲探針。本發(fā)明還公開了用上述方法設(shè)計的探針，其序列如SEQ ID NO:9～88所示。本發(fā)明針對HLA基因中GC比例60%以上的Exon2、Exon3區(qū)域的所有多態(tài)性位點設(shè)計核酸捕獲探針，提高了HLA基因探針雜交捕獲的效果。