一種基于納米孔測序的病毒實(shí)時(shí)自動(dòng)分析方法及系統(tǒng)

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202110326137.6 申請日 -
公開（公告）號(hào) CN113096736A 公開（公告）日 2021-07-09
申請公布號(hào) CN113096736A 申請公布日 2021-07-09
分類號(hào) G16B30/10（2019.01）I;G16B20/20（2019.01）I;G16B20/30（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 杜鵬程;余樂;楊童茜 申請（專利權(quán)）人 北京源生康泰基因科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 北京工信聯(lián)合知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 白曉晰
地址 100084北京市海淀區(qū)上地信息路26號(hào)1層0106-51室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種基于納米孔測序的病毒實(shí)時(shí)自動(dòng)分析方法及系統(tǒng)，包括：按照預(yù)設(shè)的時(shí)間間隔掃描測序數(shù)據(jù)存儲(chǔ)文件夾中的文件，以確定新的測序數(shù)據(jù)文件；對每個(gè)新的測序數(shù)據(jù)文件進(jìn)行完整性校驗(yàn)和格式處理，以確定待測文件；對所述待測文件中的每個(gè)測序讀段數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)清洗，以獲取質(zhì)量合格的第一測序讀段數(shù)據(jù)；將每個(gè)第一測序讀段數(shù)據(jù)與預(yù)設(shè)的病毒基因組參考序列進(jìn)行比對，并根據(jù)第一比對結(jié)果篩選，以確定第二測序讀段數(shù)據(jù)；將第二測序讀段數(shù)據(jù)和已存儲(chǔ)的測序讀段數(shù)據(jù)進(jìn)行合并，并和預(yù)設(shè)的病毒基因組參考序列進(jìn)行比對，以獲得第二比對結(jié)果；根據(jù)第二比對結(jié)果確定測序深度，根據(jù)測序深度確定參考基因組覆蓋度，并根據(jù)參考基因組覆蓋度確定分析結(jié)果。