一種基于Pacbio數(shù)據(jù)的MSI微衛(wèi)星不穩(wěn)定性檢測(cè)方法和系統(tǒng)

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN202010207692.2 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN111370063B 公開（公告）日 2021-09-10
申請(qǐng)公布號(hào) CN111370063B 申請(qǐng)公布日 2021-09-10
分類號(hào) G16B30/00 分類 物理
發(fā)明人 顧胤聰;肖云平;王樹偉;史賢俊;林博;劉鈺釧 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 上海德禾翰通律師事務(wù)所 代理人 陳艷娟
地址 201114 上海市閔行區(qū)漕河涇浦江園區(qū)新駿環(huán)路138號(hào)2幢402室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明提出了一種基于Pacbio數(shù)據(jù)的MSI微衛(wèi)星不穩(wěn)定性檢測(cè)方法，包括以下步驟：步驟一：測(cè)序錯(cuò)誤的校正，利用ccs軟件將Pacbio測(cè)序結(jié)果的subreads校正為CCS序列，min?passes>＝10；步驟二，檢測(cè)MSI?PCR上下游引物的位置，并提取產(chǎn)物序列；步驟三，根據(jù)MSI核心區(qū)域旁鄰20bp的特異性序列，進(jìn)一步提取產(chǎn)物序列中的核心序列；步驟四，旁鄰特異性序列是反向比對(duì)的，需要對(duì)核心序列進(jìn)行反向互補(bǔ)轉(zhuǎn)化；步驟五，根據(jù)給定的microsatellitemotif，檢測(cè)產(chǎn)物序列或核心序列中motif的重復(fù)次數(shù)以及motif之間的嵌合序列；步驟六，篩選重復(fù)次數(shù)>＝3的motif，保留它們之間的嵌合序列，作為MSI序列；步驟七，統(tǒng)計(jì)全部MSI序列的頻次和頻率，過濾頻率小于5％的MSI序列；考慮到腫瘤的異質(zhì)性，腫瘤組織樣本可以放寬過濾閾值。