一種用于構(gòu)建細(xì)菌16S rDNA全長(zhǎng)高通量測(cè)序文庫(kù)的方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201910260280.2 申請(qǐng)日 -
公開(kāi)（公告）號(hào) CN110004210A 公開(kāi)（公告）日 2019-07-12
申請(qǐng)公布號(hào) CN110004210A 申請(qǐng)公布日 2019-07-12
分類號(hào) C12Q1/6806;C12Q1/6869;C40B50/06 分類 生物化學(xué)；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學(xué)；酶學(xué)；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 陳祖耕;畢書(shū)琳;王成 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 杭州進(jìn)一生物科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 杭州千克知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 杭州進(jìn)一生物科技有限公司
地址 310000 浙江省杭州市經(jīng)濟(jì)技術(shù)開(kāi)發(fā)區(qū)白楊街道6號(hào)大街452號(hào)2幢D1301-1309房
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及一種用于構(gòu)建細(xì)菌16S rDNA全長(zhǎng)高通量測(cè)序文庫(kù)的方法，涉及微生物高通量測(cè)序領(lǐng)域。該方法首先將隨機(jī)堿基組成的特異性標(biāo)簽序列(UMI)加在每個(gè)16S rDNA模板分子兩端，經(jīng)PCR擴(kuò)增得到多個(gè)拷貝的兩端含特定UMI的16S rDNA全長(zhǎng)擴(kuò)增子，通過(guò)隨機(jī)打斷并連接上測(cè)序文庫(kù)的接頭，經(jīng)雙端測(cè)序獲得UMI序列和相應(yīng)的16S rDNA片段序列；另外，通過(guò)環(huán)化16S rDNA全長(zhǎng)擴(kuò)增子和測(cè)序，獲得同一分子兩端的UMI配對(duì)信息；根據(jù)相同UMI和配對(duì)UMI信息進(jìn)行reads的組裝，從而增加拼接長(zhǎng)度，最終組裝得到16S rDNA全長(zhǎng)序列信息。本發(fā)明提供的方法成本低、準(zhǔn)確度高，適用于高通量測(cè)序平臺(tái)；同時(shí)該方法通過(guò)UMI可有效排除PCR擴(kuò)增偏好性、擴(kuò)增錯(cuò)誤和測(cè)序錯(cuò)誤的影響，從而更加精確地定量樣本中的細(xì)菌種群豐度。