一種基于三代PacBio測序數(shù)據(jù)的scaffold構(gòu)建方法
基本信息
| 申請?zhí)?/td> | CN201610326888.7 | 申請日 | - |
| 公開（公告）號 | CN106022003B | 公開（公告）日 | 2019-03-29 |
| 申請公布號 | CN106022003B | 申請公布日 | 2019-03-29 |
| 分類號 | G16B40/00（2019.01）I; G16B20/30（2019.01）I | 分類 | 物理 |
| 發(fā)明人 | 王軍一; 詹東亮; 范崇儀; 蔡慶樂; 何榮軍; 王兆寶; 岳偉 | 申請（專利權(quán)）人 | 杭州和壹基因科技有限公司 |
| 代理機構(gòu) | 杭州中成專利事務(wù)所有限公司 | 代理人 | 杭州和壹基因科技有限公司 |
| 地址 | 310052 浙江省杭州市濱江區(qū)長河街道聚才路88號遠方科技中心15樓 | ||
| 法律狀態(tài) | - | ||
摘要
| 摘要 | 本發(fā)明提供一種基于三代PacBio測序數(shù)據(jù)的scaffold構(gòu)建方法，大大降低了比對時間，從而明顯提高了構(gòu)建scaffold的速度。本法先從contig中提取unique?kmer，再使用unique?kmer作為seed，將contig比對到三代PacBio數(shù)據(jù)，最后處理比對信息來構(gòu)建scaffold?；诒痉▉順?gòu)建scaffold，通常情況在一天的時間內(nèi)就能完成scaffold構(gòu)建。 |
