全細胞蛋白和基因相互作用網絡分析系統(tǒng)

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201010202475.0 申請日 -
公開（公告）號 CN102289432A 公開（公告）日 2011-12-21
申請公布號 CN102289432A 申請公布日 2011-12-21
分類號 G06F17/30(2006.01)I 分類 計算；推算；計數(shù);
發(fā)明人 蘇峰;李奇;李睿 申請（專利權）人 上海其明信息技術有限公司
代理機構 - 代理人 -
地址 201210 上海市浦東新區(qū)張江路725號7樓C座
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明是一種全細胞蛋白和基因相互作用網絡，屬于生物學和計算機數(shù)據(jù)庫技術相結合的領域。目前常用的蛋白間相互作用數(shù)據(jù)來自于KEGG(京都基因與基因組百科全書)，然而，該數(shù)據(jù)庫將細胞內不同功能的信號通路分別構建網絡，人為地割裂了全細胞范圍的相互作用網絡。本發(fā)明將解析KEGG數(shù)據(jù)庫，將KEGG數(shù)據(jù)庫的多種功能間相互做關系連通，并連接了所有常用蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫，共同構筑了全細胞網絡分析系統(tǒng)。Signal-Net解構了KEGG數(shù)據(jù)庫，突破了KEGG-Pathway數(shù)據(jù)庫中基因間相互作用關系局限于某一Pathway的限制。因此，Signal-Net在全KEGG-Pathway數(shù)據(jù)庫的范圍內篩選某個蛋白的上游或下游蛋白。在此，本發(fā)明將滿足數(shù)據(jù)篩選條件的基因分別構建實驗組和對照組基因網絡。