一種無參考基因組的群體變異檢測分析方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN202011596548.9 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN112735516A 公開（公告）日 2021-04-30
申請(qǐng)公布號(hào) CN112735516A 申請(qǐng)公布日 2021-04-30
分類號(hào) G16B20/20;G16B40/00 分類 物理
發(fā)明人 徐昊;姜麗榮;孫子奎 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 上海派森諾生物科技股份有限公司
代理機(jī)構(gòu) 上海點(diǎn)威知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 胡志強(qiáng)
地址 200030 上海市徐匯區(qū)銀都路218號(hào)2號(hào)樓3、4層
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種無參考基因組的群體變異檢測分析方法，1)通過dd?RAD的方法進(jìn)行樣本測序，測序后得到每個(gè)樣本的數(shù)據(jù)使用flash軟件包將有overlap的read1與read2連接起來，通過聚類軟件對(duì)每個(gè)樣本的序列聚類，提取每個(gè)樣本序列中的consensus序列；2)將步驟1)得到的每個(gè)樣本序列的consensus序列合并，然后進(jìn)行聚類，過濾，得到群體的consensus序列，通過本發(fā)明使無參考基因組的群體進(jìn)化分析更加高效，可以極大提高變異檢測的速度和準(zhǔn)確度。