一種CRISPR目標(biāo)區(qū)間變異檢測的分析方法
基本信息
| 申請?zhí)?/td> | CN202011596528.1 | 申請日 | - |
| 公開（公告）號 | CN112687331A | 公開（公告）日 | 2021-04-20 |
| 申請公布號 | CN112687331A | 申請公布日 | 2021-04-20 |
| 分類號 | G16B20/20(2019.01)I;G16B20/50(2019.01)I;G16B40/00(2019.01)I;G16B50/30(2019.01)I | 分類 | 物理 |
| 發(fā)明人 | 陳全明;姜麗榮;孫子奎 | 申請（專利權(quán)）人 | 上海派森諾生物科技股份有限公司 |
| 代理機(jī)構(gòu) | 上海點(diǎn)威知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 | 代理人 | 胡志強(qiáng) |
| 地址 | 200030上海市徐匯區(qū)銀都路218號2號樓3、4層 | ||
| 法律狀態(tài) | - | ||
摘要
| 摘要 | 本發(fā)明公開了一種CRISPR目標(biāo)區(qū)間變異檢測的分析方法，1)將高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)使用flash軟件將兩條reads按照overlap進(jìn)行合并，再使用cd_hit軟件按照短序列與長序列完全相似的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行聚類，獲得聚類結(jié)果；2)使用mafft軟件將聚類結(jié)果與目標(biāo)區(qū)間進(jìn)行序列的多重比對，掃描目標(biāo)區(qū)間，根據(jù)掃描結(jié)果查找出突變；3)根據(jù)步驟2)中找出的突變進(jìn)行分類，再結(jié)合步驟1)中的聚類結(jié)果中每一個(gè)cluster的reads數(shù)除以總聚類的reads數(shù)，得到每個(gè)cluster條目對應(yīng)分類的突變率；通過本發(fā)明的分析得到的結(jié)果更接近真實(shí)情況，提高了準(zhǔn)確率。?? |
