一種獲取ADAR蛋白細(xì)胞內(nèi)高效結(jié)合的底物序列的方法及底物序列和應(yīng)用

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202010158889.1 申請日 -
公開（公告）號 CN111593093B 公開（公告）日 2022-03-04
申請公布號 CN111593093B 申請公布日 2022-03-04
分類號 C12Q1/6809（2018.01）I 分類 生物化學(xué)；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學(xué)；酶學(xué)；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 張銳;楊文兵;宋玉龍 申請（專利權(quán)）人 時夕（廣州）生物科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 廣州粵高專利商標(biāo)代理有限公司 代理人 趙崇楊
地址 510700 廣東省廣州市黃埔區(qū)廣州國際生物島星漢二路31號自編3棟4層04、05、06單元（僅限辦公）
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種獲取ADAR蛋白細(xì)胞內(nèi)高效結(jié)合的底物序列的方法及底物序列和應(yīng)用。所述方法包括如下步驟：S1.細(xì)胞準(zhǔn)備及蛋白與RNA交聯(lián)反應(yīng)；S2.免疫共沉淀及雙鏈RNA消化，連接，和逆轉(zhuǎn)錄；S3.cDNA環(huán)化、建庫和高通量測序；S4.ADAR底物拼裝；S5.高效結(jié)合底物的評估。本發(fā)明首次開發(fā)了一種獲取ADAR蛋白細(xì)胞內(nèi)高效結(jié)合的底物序列的方法irCLASH，本發(fā)明從實驗及生物信息學(xué)的角度填補(bǔ)現(xiàn)有ADAR1結(jié)合底物研究存在的空缺，與現(xiàn)有其他研究蛋白與RNA相互作用的方法相比，可顯著提高嵌合體讀長的得率，可最大限度提高了ADAR蛋白作用底物的構(gòu)建數(shù)量，同時縮短實驗耗時、簡化了實驗操作。