高通量測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計方法和統(tǒng)計裝置

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201611236130.0 申請日 -
公開（公告）號 CN106709028A 公開（公告）日 2017-05-24
申請公布號 CN106709028A 申請公布日 2017-05-24
分類號 G06F17/30(2006.01)I;G06F19/16(2011.01)I 分類 計算；推算；計數(shù);
發(fā)明人 陳晨;王震;于偉文 申請（專利權）人 上海華點云生物科技有限公司
代理機構 北京邦信陽專利商標代理有限公司 代理人 上海華點云生物科技有限公司
地址 200335 上海市長寧區(qū)廣順路33號8幢490室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種高通量測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計方法和裝置，所述方法包括：根據(jù)高通量測序數(shù)據(jù)為并行計算做準備；對準備好的高通量測序數(shù)據(jù)進行并行計算；將并行計算結果匯總得出統(tǒng)計數(shù)據(jù)。確定堿基質量值轉換方式；切分數(shù)據(jù)；生成執(zhí)行實體。將文件轉換為RDD；將RDD切分為partition。生成執(zhí)行實體task。計算每個數(shù)據(jù)塊中與序列行相關的統(tǒng)計信息以及堿基質量值。統(tǒng)計每一列的堿基質量值分布。本發(fā)明的技術方案極大地提高了對高通量測序數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計的速度。