高通量測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量過(guò)濾方法和過(guò)濾裝置

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201611236128.3 申請(qǐng)日 -
公開(kāi)（公告）號(hào) CN106777262A 公開(kāi)（公告）日 2017-05-31
申請(qǐng)公布號(hào) CN106777262A 申請(qǐng)公布日 2017-05-31
分類(lèi)號(hào) G06F17/30(2006.01)I;G06F19/16(2011.01)I 分類(lèi) 計(jì)算；推算；計(jì)數(shù);
發(fā)明人 陳晨;王震;于偉文 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人 上海華點(diǎn)云生物科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 北京邦信陽(yáng)專(zhuān)利商標(biāo)代理有限公司 代理人 上海華點(diǎn)云生物科技有限公司
地址 200335 上海市長(zhǎng)寧區(qū)廣順路33號(hào)8幢490室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開(kāi)了一種對(duì)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量過(guò)濾的方法和裝置，所述方法包括：根據(jù)所述高通量測(cè)序數(shù)據(jù)為并行計(jì)算做準(zhǔn)備；通過(guò)并行計(jì)算過(guò)濾掉準(zhǔn)備好的數(shù)據(jù)中質(zhì)量不達(dá)標(biāo)的數(shù)據(jù)。確定質(zhì)量轉(zhuǎn)換方式；數(shù)據(jù)切分；生成并行計(jì)算的執(zhí)行實(shí)體。將第一文件和第二文件分別轉(zhuǎn)換為第一RDD和第二RDD；將第一RDD和第二RDD分別切分為第一partition組和第二partition組；將第一RDD和第二RDD合并為第三RDD；將第三RDD切分為第三partition組。生成對(duì)第三partition組進(jìn)行并行計(jì)算的執(zhí)行實(shí)體task。采用本發(fā)明的技術(shù)方案，能夠大大提高對(duì)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量過(guò)濾的執(zhí)行速度。