一種基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組聚類結(jié)果注釋細(xì)胞身份的方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201910246519.0 申請日 -
公開（公告）號 CN110060729A 公開（公告）日 2019-07-26
申請公布號 CN110060729A 申請公布日 2019-07-26
分類號 G16B20/00（2019.01）I; G16B40/00（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 黃仲曦; 章建平; 汪佳宏; 林獻(xiàn)威; 潘星華 申請（專利權(quán)）人 廣州序科碼生物技術(shù)有限責(zé)任公司
代理機(jī)構(gòu) 廣州三環(huán)專利商標(biāo)代理有限公司 代理人 廣州序科碼生物技術(shù)有限責(zé)任公司
地址 510000 廣東省廣州市廣州高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)科學(xué)城開源大道11號B3棟905室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組聚類結(jié)果注釋細(xì)胞身份的方法，包括步驟：S1、提供存活細(xì)胞，利用10X genomics建庫并測序，獲得轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)；S2、對步驟S1所得測序數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾，然后用軟件cellranger進(jìn)行初始分析，輸出原始數(shù)據(jù)；S3、分析步驟S2輸出的原始數(shù)據(jù)；S4、細(xì)胞身份注釋，包括步驟：S41，將Cell Marker數(shù)據(jù)庫的標(biāo)簽基因按細(xì)胞類型進(jìn)行分類；S42，將FindAllMarkers函數(shù)篩選出來的標(biāo)簽基因按P值排序；S43，將Cell Marker數(shù)據(jù)庫中每類細(xì)胞的標(biāo)簽基因與FindAllMarkers函數(shù)篩選出來的細(xì)胞亞群標(biāo)簽基因取交集，根據(jù)交集基因，進(jìn)行打分；S44，根據(jù)基因交集打分大小排序，將分值最大者對應(yīng)的細(xì)胞類型注釋為當(dāng)前亞群的細(xì)胞身份。采用本發(fā)明的方法能準(zhǔn)確快速地對細(xì)胞分類和身份注釋。