一種基于單細胞轉(zhuǎn)錄組聚類結(jié)果注釋細胞身份的方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201910246519.0 申請日 -
公開（公告）號 CN110060729B 公開（公告）日 2020-02-28
申請公布號 CN110060729B 申請公布日 2020-02-28
分類號 G16B20/00;G16B40/00 分類 物理
發(fā)明人 黃仲曦;章建平;汪佳宏;林獻威;潘星華 申請（專利權(quán)）人 廣州序科碼生物技術(shù)有限責任公司
代理機構(gòu) 廣州三環(huán)專利商標代理有限公司 代理人 廣州序科碼生物技術(shù)有限責任公司
地址 510000 廣東省廣州市廣州高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)科學城開源大道11號B3棟905室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種基于單細胞轉(zhuǎn)錄組聚類結(jié)果注釋細胞身份的方法，包括步驟：S1、提供存活細胞，利用10X genomics建庫并測序，獲得轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)；S2、對步驟S1所得測序數(shù)據(jù)進行過濾，然后用軟件cellranger進行初始分析，輸出原始數(shù)據(jù)；S3、分析步驟S2輸出的原始數(shù)據(jù)；S4、細胞身份注釋，包括步驟：S41，將Cell Marker數(shù)據(jù)庫的標簽基因按細胞類型進行分類；S42，將FindAllMarkers函數(shù)篩選出來的標簽基因按P值排序；S43，將Cell Marker數(shù)據(jù)庫中每類細胞的標簽基因與FindAllMarkers函數(shù)篩選出來的細胞亞群標簽基因取交集，根據(jù)交集基因，進行打分；S44，根據(jù)基因交集打分大小排序，將分值最大者對應的細胞類型注釋為當前亞群的細胞身份。采用本發(fā)明的方法能準確快速地對細胞分類和身份注釋。