預(yù)測siRNA針對某類細(xì)胞的毒性的機(jī)器學(xué)習(xí)模型的建立方法及其應(yīng)用

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201611121663.4 申請日 -
公開（公告）號 CN108182346B 公開（公告）日 2021-07-30
申請公布號 CN108182346B 申請公布日 2021-07-30
分類號 G16B40/00（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 蔡金露;鐘南;張慶勇;金盈 申請（專利權(quán)）人 杭州康萬達(dá)醫(yī)藥科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 北京天昊聯(lián)合知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 王靜;丁業(yè)平
地址 311121浙江省杭州市余杭區(qū)文一西路998號未來科技城18號樓511-512室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 提供了預(yù)測siRNA對某類細(xì)胞的毒性的機(jī)器學(xué)習(xí)模型的建立方法及應(yīng)用。該方法包括A）提供n條19?29bp的siRNA，n≥2；B）獲得每條siRNA用于建立該模型的輸入值和輸出值；輸入值如此得到：i）將siRNA與基因組mRNA比對，選擇互補(bǔ)且錯(cuò)配堿基數(shù)小于等于7的脫靶基因；ii）根據(jù)互補(bǔ)區(qū)中錯(cuò)配堿基特征及mRNA二級結(jié)構(gòu)，得到脫靶權(quán)重；iii）用數(shù)據(jù)庫得到脫靶基因的組學(xué)權(quán)重；iv）基于所有脫靶基因的組學(xué)權(quán)重和脫靶權(quán)重，計(jì)算組學(xué)特征值作為輸入值；輸出值如此得到：用siRNA進(jìn)行細(xì)胞實(shí)驗(yàn)，獲得siRNA下的細(xì)胞生存指數(shù)作為輸出值；C）將n條siRNA的輸入值和輸出值通過機(jī)器學(xué)習(xí)算法進(jìn)行計(jì)算。