用于選擇性全基因組擴(kuò)增的引物設(shè)計方法、裝置及應(yīng)用

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202010356271.6 申請日 -
公開（公告）號 CN113571123A 公開（公告）日 2021-10-29
申請公布號 CN113571123A 申請公布日 2021-10-29
分類號 G16B15/30（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 李英鎮(zhèn);林宇鋒;李晴晴 申請（專利權(quán)）人 華大生物科技（武漢）有限公司
代理機(jī)構(gòu) 深圳鼎合誠知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 李小焦;彭家恩
地址 510006廣東省廣州市番禺區(qū)大學(xué)城小谷圍街青藍(lán)街22號國家數(shù)字家庭產(chǎn)業(yè)應(yīng)用示范基地B區(qū)3樓華大基因
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本申請公開了一種用于選擇性全基因組擴(kuò)增的引物設(shè)計方法、裝置及應(yīng)用。本申請的方法包括，引物設(shè)計參數(shù)設(shè)置步驟，預(yù)先設(shè)置引物長度、引物組合個數(shù)，引物組合在目標(biāo)基因或背景基因的平均距離、最大距離、分布均勻性；引物設(shè)計步驟，利用k?mer在背景基因與目標(biāo)基因中的差異設(shè)計引物；引物組合篩選步驟，輸出最優(yōu)的N個引物組合；引物組合測評步驟，模擬各引物組合對各目標(biāo)基因的覆蓋率，預(yù)計可能丟失的區(qū)域；結(jié)果分析步驟，輸出每組實驗的目標(biāo)基因組覆蓋率和深度圖，以便根據(jù)實驗情況篩選引物組合。本申請的方法，可設(shè)計能同時富集多個目標(biāo)基因的引物組合，能有效提高目標(biāo)基因覆蓋度，在同等條件下比現(xiàn)有的引物設(shè)計流程縮短約80％的時間。