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中國科學院上海應用物理研究所籌建于1958年10月，1959年8月正式成立，時稱中國科學院上海原子核研究所，2003年6月經國家批準定為現名。中國科學院上海應用物理研究所以光子科學、核科學技術及相關交叉學科研究為主，同時推進科研成果產業(yè)化。 截至2014年底，中國科學院上海應用物理研究所有兩大園區(qū)，分別坐落于上海市科技衛(wèi)星城嘉定區(qū)和浦東張江高科技園區(qū)，占地面積共約700畝；研究所共有在職職工1162人，其中科技人員1005人；有國家科學中心1個，中國科學院重點實驗室（中心或研究院）4個，上海市重點實驗室1個；共有在學研究生402人，其中碩士生195人，博士生207人。