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中國科學(xué)院上海分院是中國科學(xué)院的派出機構(gòu)，負責(zé)聯(lián)系和管理中國科學(xué)院在上海、浙江和福建地區(qū)的研究院所工作。其科研業(yè)務(wù)工作歸口中國科學(xué)院，日常行政工作受上海市領(lǐng)導(dǎo)。上海分院始于1950年3月經(jīng)政務(wù)院批準(zhǔn)成立的中科院華東辦事處，接管并改造了原國立中央研究院、國立北平研究院在上海、南京的研究機構(gòu)，1955年2月更名為上海辦事處，1958年11月成立上海分院，1961年改為華東分院，1970年中科院撤消分院體制，1977年11月恢復(fù)成立中科院上海分院。 上海分院現(xiàn)有15家法人研究機構(gòu)：上海微系統(tǒng)與信息技術(shù)研究所、上海硅酸鹽研究所、上海光學(xué)精密機械研究所、上海應(yīng)用物理研究所、上海技術(shù)物理研究所、上海有機化學(xué)研究所、上海生命科學(xué)研究院、上海天文臺、上海藥物研究所、上海巴斯德研究所、福建物質(zhì)結(jié)構(gòu)研究所、寧波材料技術(shù)與工程研究所、城市環(huán)境研究所、上海高等研究院、微小衛(wèi)星創(chuàng)新研究院（上海分院系統(tǒng)研究機構(gòu)的教育職能歸口中國科學(xué)院大學(xué)）。 截至2017年，中國科學(xué)院上海分院有一支13718人的科研、管理和支撐隊伍，其中專業(yè)技術(shù)人員9761人（含高級研究人員4087人）。有兩院院士69人，國家“”入選者147人，國家杰出青年科學(xué)基金獲得者153人，國家自然科學(xué)基金委員會創(chuàng)新群體20個，共55人次擔(dān)任國家“973”項目首席科學(xué)家。有13個國家重點實驗室、39個中國科學(xué)院重點實驗室，以及中國科學(xué)院上海教育基地、中國科學(xué)院上海國家技術(shù)轉(zhuǎn)移中心、中國科學(xué)院上海交叉學(xué)科研究中心。